Im Laufe der Jahrhunderte kam es immer wieder zu Zerstörungen an verschiedenen Stellen des Domes, aber kein Krieg hinterließ so gravierende Schäden wie der Pfälzische Erbfolgekrieg am Ende des 17. Jahrhunderts.
Im Pfälzischen Erbfolgekrieg wurde Speyer 1688 von Französischen Truppen besetzt und 1689 in Brand gesetzt. Nach der Zerstörung von ca. der Hälfte des Domes (von Westen her) wurden diese Teile in mehreren Etappen wieder aufgebaut. 1698/99 wurde der Dom zunächst nur durch neue Dächer und einer hohen Trennmauer gegenüber der offenen Ruine gesichert.